Jeśli podatnik wykorzystuje nieruchomość zarówno do celów związanych z działalnością gospodarczą, jak również do celów innych, w tym zwłaszcza na potrzeby osobiste, podatek naliczony związany z nabyciem lub wzniesieniem tej nieruchomości oblicza się wg proporcji procentowej w jakiej nieruchomość wykorzystywana jest do celów działalności gospodarczej. Proporcjonalne obliczenie wysokości podatku naliczonego należy odróżnić od odrębnie uregulowanej tzw. proporcji odliczania podatku naliczonego. Omawiana tutaj kwestia dotyczy dopiero ustalenia wysokości podatku naliczonego; dopiero w następnej kolejności pojawi się kwestia, ile z tego VATu naliczonego podatnik może odliczyć.
Na przykład: podatnik wybudował budynek, którego w 50% używa do działalności gospodarczej, a w 50% na potrzeby osobiste. Działalność gospodarcza podatnika to w 50% sprzedaż usług doradczych (23% VAT) i w 50% sprzedaż usług zwolnionych (pośrednictwo finansowe/ubezpieczeniowe). Zatem tylko 50% VATu zawartego w fakturach zakupowych dot. nieruchomości będzie w ogóle stanowiło podatek naliczony. Z 50% stanowiących podatek naliczony odliczeniu do podatku należnego podlegać będzie tylko 50%, bowiem tylko w 50% działalność podatnika jest opodatkowana, a w 50% zwolniona. W efekcie końcowym, podatnik odliczy więc tylko 25% VATu z faktur zakupowych dot. nieruchomości.