Zasadą jest, że organem właściwym w sprawie wznowienia postępowania jest organ, który wydał w danej sprawie decyzję ostateczną. Jednakże w przypadku, gdy powodem wznowienia postępowania jest niewłaściwe działanie tego organu (zwykle US) wówczas o wznowieniu postępowania rozstrzyga organ wyższego stopnia (zwykle Izba Skarbowa). Intencja tej zasady wydaje się jasna: sprawą powinien się zająć ten organ, który ją prowadził, gdyż posiada ku temu najwyższe kompetencje; jeśli jednak powodem wznowienia miałaby być wina tego organu, to nie powinien on występować jako sędzia we własnej sprawie i dlatego w takich przypadkach sprawa ma zostać rozpatrzona przez organ niezależny.
W praktyce, nie zawsze jest oczywiste, czy przesłanka wznowienia postępowania leży po stronie winy organu czy też wynika z okoliczności odeń niezależnych, a właściwe rozstrzygnięcie tego aspektu sprawy może okazać się istotne, zwłaszcza w przypadku, gdy w interesie organu jest pozostawienie uprzedniej decyzji w mocy (niewznawianie postępowania).