Organ podatkowy jest zobowiązany stwierdzić, że decyzja ostateczna jest nieważna w przypadku, gdy wydał ją organ niewłaściwy w danej sprawie. Mogłoby się wydawać, że tak się nie zdarza, a jednak, gdy kilka lat temu powołano do życia tzw. specurzędy do obsługi dużych i zagranicznych firm, okazało się, że w praktyce, a wbrew przepisom, zaczęły one swoją pracę za wcześnie. W konsekwencji doprowadziło to, po kilku latach sporów sądowych, do stwierdzenia nieważności dziesiątków wydatnych przez te urzędy decyzji.
Przy stwierdzeniu nieważności decyzji z tego powodu nie ma najmniejszego znaczenia, czy organ podatkowy miał merytorycznie rację czy nie. Decyzja wydana przez niewłaściwy urząd jest nieważna niezależnie od okoliczności jej wydania, jej treści czy też skutków, które pociąga za sobą stwierdzenie jej nieważności.