Od wielu lat to zagadnienie podnoszone jest w praktyce w najróżniejszych wariantach, np. stosunkowo częsty przypadek polega na zapłaceniu podatku VAT w następnym okresie rozliczeniowym niż właściwy. Organy podatkowe często stają wówczas na stanowisku, że odsetki należą się za cały okres, w którym zaległość pozostawała niewykryta (nie została formalnie wpłacona za właściwy okres), natomiast podatnicy wskazują wówczas, że faktyczne opóźnienie we wpłacie wynosiło tylko miesiąc (względnie kwartał) więc odsetki należą się tylko za jeden miesiąc. Choć nie istnieje jednolita teza obejmująca wszystkie mogące się w praktyce zdarzyć przypadki, to jednak tego typu spory rozstrzygane są zwykle przez sądy na korzyść podatników. W niedawno wydanym wyroku NSA II FSK 2454/11, utrzymującym zresztą w mocy poprzedzający go wyrok WSA III SA/Wa 3076/10 (oddaloną skargę kasacyjną wnosił organ podatkowy), za nietrafny uznał sąd pogląd fiskusa, zgodnie z którym zaliczenie nadpłaty w podatku dochodowym na poczet zaległości podatkowej następuje dopiero z dniem złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty jest wprawdzie niezbędne, jednak dzień złożenia tego wniosku nie rozstrzyga o określeniu momentu zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowej.