Organ podatkowy nakłada karę porządkową w drodze postanowienia, na które można złożyć zażalenie. Niezależnie do tej drogi (zażalenie do organu wyższego stopnia), do organu, który nałożył karę można złożyć wniosek o jej uchylenie. Ewentualna odmowa uchylenia kary także musi mieć formę postanowienia, które także można zaskarżyć do organu drugiej instancji.
Wybór skuteczniejszego środka zależy od okoliczności. Najogólniej, jeśli nałożenie kary następuje z naruszeniem prawa, np. dotyczy sytuacji, dla której przepisy w ogóle nie przewidują możliwości ukarania podatnika, wówczas wskazane będzie złożenie zażalenia. Natomiast w przypadku, gdy doszło do nieporozumienia pomiędzy podatnikiem i organem podatkowym, które łatwo wyjaśnić i naprawić, np. strona źle zrozumiała oczekiwania urzędu i okoliczności dotyczące sprawy lub strony usprawiedliwiają to nieporozumienie, wówczas skuteczniejszą metodą będzie zwykle wniosek o uchylenie kary. Przepisy nie wykluczają także możliwości skorzystania z obu dróg jednocześnie, tj. zażalenia i wniosku o uchylenie kary – podwójna droga może być szczególnie wskazana wówczas, gdy nie mamy pewności, która będzie skuteczniejsza, a należy pamiętać o tym, że niezażalone postanowienie uprawomocnia się 7 dni od dnia doręczenia i wzruszenie go w późniejszym czasie (np. gdy się okaże, że organ odmówił uchylenia kary porządkowej) może okazać się niemożliwe, a co najmniej będzie o wiele trudniejsze niż w przypadku terminowego złożenia zażalenia.
Strona, która zgodziła się na bycie przesłuchaną we własnej sprawie nie może zostać ukarana karą porządkową, nawet w przypadku odmowy złożenia zeznania, niestawienia się na przesłuchanie lub opuszczenia miejsca przesłuchania przed jego zakończeniem. Zakaz nakładania na stronę kary porządkowej wynika z ogólnej zasady, w myśl której strona może być przez organ podatkowy przesłuchiwana we własnej sprawie tylko za własną zgodą, a nawet w przypadku jej wyrażenia nie można wobec niej stosować środków przymusu, chociaż stosuje się przepisy dotyczące świadka.
W ogóle trzeba przyznać, że w praktyce organy podatkowe nie nadużywają możliwości nakładania kar porządkowych, chociaż nadużywają prawa do informowania o niej, tzn. często przerzucają ciężar zbierania dowodów/dostarczania materiałów czy informacji na stronę lub inne osoby, a w celu zmniejszenia prawdopodobieństwa spotkania się z odmową i argumentem: „to obowiązek urzędu, a nie nasz” zamieszczają w „Pouczeniu” informacje o karze porządkowej. To czy należy przymknąć na to oko, czy raczej się postawić, zawsze zależy od okoliczności sprawy, od oceny, co będzie dla tej sprawy lepszym posunięciem.