Stronę obciążają koszty postępowania, które zostały poniesione na jej żądanie lub w jej interesie (jeśli organ nie miał obowiązku ich ponoszenia), koszty sporządzania kopii akt sprawy, a przede wszystkim te, które powstały z jej winy, w szczególności wynikłe z zatajenia dowodu lub złożenia zeznań czy wyjaśnień niezgodnych z prawdą, a także uchylenia się od obowiązkowego stawiennictwa na określoną przez organ czynność.
W sprawie kosztów postępowania organ podatkowy wydaje postanowienie, na które służy zażalenie. Koszty postępowania mogą być także, na wniosek strony, umorzone lub rozłożone na raty, jeśli przemawia za tym interes publiczny lub ważny interes strony.
W praktyce, stosunkowo rzadko dochodzi zarówno do upominania się przez stronę o zwrot kosztów od organu, jak i żądania zwrotu kosztów przez organ od strony. Wynika to z niskiej świadomości istnienia tego uprawnienia po stronie podatników, z symboliczności kwot zazwyczaj wchodzących w grę, a także ze zwyczaju organów prowadzenia postępowań w sposób możliwie najmniej kosztowny (dla siebie)*. Najczęstszym wyjątkiem są wysokie koszty biegłych, ale i tutaj rzadko kiedy dochodzi do sporów, gdyż z okoliczności ich powoływania zwykle w sposób oczywisty wynika, kto powinien pokryć jego honorarium.
* Stąd częste żądania dostarczenia określonych dowodów kierowane przez organów do podatników w sytuacjach, gdy obowiązek ich zebrania faktycznie spoczywa na organie.