Podstawa opodatkowania obejmuje zasadniczo wszystko co podatnik ma otrzymać za dostawę towaru lub wyświadczoną usługę, w tym także wszelkie opłaty dodatkowe, manipulacyjne, cła, podatki, prowizje, ubezpieczenia, z wyjątkiem jednak samego podatku VAT. Taka zasada ma maksymalizować zyski Skarbu Państwa poprzez wyraźne zaznaczenie, że z podstawy opodatkowania VATem nie można wyłączać żadnych elementów cenotwórczych, choćby były one tylko pośrednio związane z daną usługą czy dostawą i choćby same w sobie nie podlegały VAT (podatki, ubezpieczenie, inne). Nie można na przykład zafakturować usługi z VAT, a obok tego wystawić jeszcze notę obciążeniową na zwrot podatków i ubezpieczenia (bez VAT).
Natomiast wyłączenie z podstawy opodatkowania kwoty podatku VAT oznacza, że w przypadku, gdy strony umowy określają cenę towaru lub usługi bez wyraźnego zaznaczenia, czy jest to cena z VAT czy bez VAT, to należy przyjąć, że jest to cena brutto (z VAT), gdzie VAT należy obliczyć metodą „w stu”.