Podstawa opodatkowania nie obejmuje podatku VAT należnego od danej transakcji, rabatów, obniżek i upustów, a także kwot otrzymanych od usługobiorcy jako zwrot udokumentowanych wydatków poniesionych w imieniu i na rzecz nabywcy i ujmowanych przejściowo przez podatnika w prowadzonej przez niego ewidencji.
To ostatnie wyłączenie znalazło się w ustawie na skutek implementacji normy z Dyrektywy VAT, o której wyraźne włączenie do Ustawy o VAT od lat zabiegały środowiska doradcze.
W praktyce zaistnieje pomiędzy podatnikami i US wiele sporów w zakresie interpretacji tego wyłączenia, w kontekście nakazu włączania do podstawy opodatkowania opłat dodatkowych, takich jak np. ubezpieczenia. Zapewne rozstrzygające będzie spełnienie warunków formalnych: a) czy wydatki były ponoszone w imieniu i na rzecz klienta, b) czy były ujmowane w ewidencji podatnika.