Kontrola podatkowa kończy się protokołem. Uznając wytknięte w protokole nieprawidłowości za uzasadnione, podatnik może skorygować deklaracje podatkowe w sposób odpowiadający ustaleniom kontrolnym, co ma tę zaletę, że z mocy prawa wyklucza możliwość wszczęcia wobec niego postępowania karnego skarbowego. Jednakże uprawnienie to przysługuje podatnikowi tylko do dnia wszczęcia postępowania podatkowego, na co organ podatkowy ma, co do zasady, 6 miesięcy do dnia zakończenia kontroli. Choć nie wynika to wprost z przepisu (art. 165b Ordynacji podatkowej), to jego ratio legis wyraźnie wskazuje, że z wszczęciem tego postępowania organ powinien się wstrzymać przynajmniej 14 dni, tj. tyle czasu, ile przysługuje podatnikowi na złożenie wyjaśnień i zastrzeżeń do protokołu kontrolnego, w szczególności z tego powodu, iż uznanie tych zastrzeżeń za uzasadnione przez kontrolujących uchyla konieczność wszczęcia postępowania.
Jeden z czytelników Newslettera, wskazał, że w jego przypadku organ podatkowy przeprowadził kontrolę podatkową, a trzy dni po jej zakończeniu wszczął postępowanie na zasadach ogólnych, tj. na podstawie art. 165, zgodnie z którym, postępowanie podatkowe może być wszczęte z urzędu. Moim zdaniem, organ podatkowy postąpił bezprawnie, gdyż w tych okolicznościach powinien trzymać się procedury przewidzianej w art. 165b zgodnie z zasadą: lex specialis derogat legi generali. W ten sposób naruszona też została zasada działania organu w sposób budzący zaufanie.